中科院环工好还是同济市政好啊?

中国科学院的实力当然要更强大一些。中国科学院是主管全国科研的国家机构，和主管教育的教育部是平级的一个机构。中国科学院下属的研究所在各自领域基本处于国家队的地位，另外中国科学院所属的研究生院在评价中也被认为是中国最好的研究生院，高于大学的研究生院。中国科学院下属的中国科学技术大学也是高精尖的一所中国顶级大学。整体看来，中国科学院的实力在对于研究生至关重要的科研方面是中国最强大的。
清华大学是由教育部主管的一所大学。大学对于研究所的优势在于其大学的氛围，有较完善的本硕博体系。不过对于研究生阶段来说，主要接触的是导师和实验室，中国科学院的各研究所，研究生院优势可能会更大一些。