msi2lmp在windows下编译求助
答案:2 悬赏:20 手机版
解决时间 2021-03-23 19:17
- 提问者网友:凉末
- 2021-03-23 14:00
msi2lmp在windows下编译求助
最佳答案
- 五星知识达人网友:杯酒困英雄
- 2021-03-23 15:19
用materials studio建模转化成lammps data文件,我是用lammps里的msi2lmp工具转化的。
那个msi2lmp工具,手册第七章里面也有介绍,下载的lammps文件,tool目录下也有源代码和例子,你可以做相应的参考。
使用MS将PDB导出成car,mdf格式。
有关msi2lmp工具的使用(执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限):
按照以下顺序来的:
1,直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下;
2,在ms中建立好结构模型后,在ds模块或者forcite模块中指定力场类型,如对xxx结构指定为cvff力场,export结构保存为.car格式,同时自动有.mdf格式的文件生成;
3,将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹,并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中(如上面的cvff.frc);
4,在这个文件目录下,通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 运行程序,运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件,data.xxx是空的可以直接删除,数据在xxx.lammps05文件中。
那个msi2lmp工具,手册第七章里面也有介绍,下载的lammps文件,tool目录下也有源代码和例子,你可以做相应的参考。
使用MS将PDB导出成car,mdf格式。
有关msi2lmp工具的使用(执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限):
按照以下顺序来的:
1,直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下;
2,在ms中建立好结构模型后,在ds模块或者forcite模块中指定力场类型,如对xxx结构指定为cvff力场,export结构保存为.car格式,同时自动有.mdf格式的文件生成;
3,将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹,并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中(如上面的cvff.frc);
4,在这个文件目录下,通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 运行程序,运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件,data.xxx是空的可以直接删除,数据在xxx.lammps05文件中。
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- 1楼网友:雾月
- 2021-03-23 16:57
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