我们公司总部及分支机构汇总在地税申报所得税

请问各位税务专家们:
我们公司总部及分支机构是2002年以前成立的公司,当时和现在所得税都在地税交纳,增值税和附征税都是汇总到总部一起交纳的,当然所得税也汇总在地税交纳,后来07年又陆续开了几家分支机构,不是独立法人,帐务也不单独核算,我们也申请汇总到总部一起交纳,但过了一个季度,国税局通知我们新开的几家分支机构未进行所得税申报,但我们实际上已汇总到总部一起在地税进行了申报,现在国税局要罚款,我们该怎么办?

非常感谢各位朋友的回答:我公司总部及分支机构均在同一个市和同一个区同一个税务局主管,但我现在遇到的问题是我在地税已申报了所得税,但在国税局的系统里又反映我们新开的几家分支机构又未申报的(我想可能是我们办税务登记证后系统自动生成的,因为我们这几家都是07年新办的)

根据文件规定，你公司的实际情况，你公司（包括所有分支机构）可以在地税缴纳，具体与国税再沟通一下吧。
提供2个参考文件：网上自己查一下吧，写的很明确的，国税发〔2002〕8号文件和国税发〔2003〕76号文件。（特别是76号文件的第一条第4款和第五条）

由于你们办理的是分支机构。 你们应该在开业的时候就办理相关的税种核定和合并纳税业务的。 可能，是你们没有办理相关的合并纳税业务。 我指的是你们在总部那里办了，而在分支机构那里没有办。 如果是这样，那就没有办法了，缴罚款，补税。 然后，再办理相关的合并缴税手续。吧。

可以由总机构的主管税务机关出具证明，证明分支机构已经汇总纳税了，将这份证明提交给分支机构的主管税务机关。不过即使是汇总纳税，作为分支机构也需要先申报预缴。 所以国税说你们没有申报是正常的，这个罚款是逃不掉的。只能尽量协商，看看能不能从轻处罚。 再看看别人怎么说的。