预付款已收，但是货还没发，能开发票吗

预收账款50万，已发出货物20万，现在客户要求开50万的发票，如何做分录？

按道理讲不应开50万的发票，因为你没有将全部货物移交给购货方。但对方要求开票，只能听“上帝”的啦 ;-)
收到预收款：
借：银行存款 500,000
贷：预收账款 500,000
发出20万商品：
借：主营业务成本 200,000
贷：库存商品 200,000
开出50万发票：
借： 预收账款 500,000
贷：主营业务收入 427,350.43
应交税金—应缴增值税（销项税额）72,649.57

等继续发出30万商品时，只做发出30万商品的分录，其他不做了：
借：主营业务成本 300,000
贷：库存商品 300,000

只能如此了，虽然当月你们可能要多交税增值税（销项税多了），但这只是纳税前移，并未真正多交。

不需要重开，把差价发票开齐就行了