解释CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别？

解释CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别？

CDS是Coding sequence的缩写，是编码一段蛋白产物的序列，是结构基因组学术语
ORF开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。当一个新基因被识别，其DNA序列被解读，人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么
CDS与开放读码框ORF的区别
（1）开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列；不是所有读码框都能被表达出蛋白产物，或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白。
（2） CDS，是编码一段蛋白产物的序列。
（3） cds必定是一个orf。但也可能包括很多orf。
（4）反之，每个orf不一定都是cds。
（5）Open reading frame (ORF) - a reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide.
Coding sequence (CDS) - The portion of DNA that codes for transcription of messenger RNA
ORF-----translation, CDS----transcription
translation 是理论上的，而transcription则显然是事实存在的。

cDNA为具有与某RNA链呈互补的碱基序列的单链DNA即complementary DNA之缩写
，或此DNA链与具有与之互补的碱基序列的DNA链所形成的DNA双链

EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST簇(EST clusteF)

mRNA携带遗传信息，在蛋白质合成时充当模板的RNA。参考资料：百度百科

ORF的英文展开是open reading frame（开放阅读框）。

CDS的英文展开是coding sequences （编码区）。

ORF是理论上的氨基酸编码区，一般是在分析DNA核酸图谱中（主要是利用电脑程序）得到的。程序会自动在DNA序列中寻找启动因子（ATG或AUG），然后按每3个核酸一组，一直延伸寻找下去，直到碰到终止因子（TAA或TAG）。程序把这个区域当成ORF区，认为理论上可以编码一组氨基酸。

但问题是，在一个整体核酸序列中寻找ATG并不靠谱。因为寻找到的ATG很可能是两个氨基酸编码片段的尾和头的混合体。比如AACGCATGCAGC.

看上面这个小序列，如果以T为中心，会有三种编码组合的可能。即

（1）ATG（T在中心）电脑程序发现的启动因子的组合

（2）CAT（T在最右侧）

（3）TGC（T在最左侧）本例中实际核酸编码的组合。

这就是ORF三种框架的来源。实际上，DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应六种不同的三联密码子）。

所以，我们说ORF只是理论上的编码区，与真实的情景可能并不一样。

而CDS是检查cDNA后得到的编码组合序列，和实际情景比较接近。