果蝇（2N=8）有眼和无眼是由一对位于常染色体上的等位基因（A、a）控制的．雄性果蝇的染色体组成如图．现

果蝇（2N=8）有眼和无眼是由一对位于常染色体上的等位基因（A、a）控制的．雄性果蝇的染色体组成如图．现

（1）由于果蝇的X和Y染色体上的碱基序列有明显差异，而常染色体有3对，所以研究果蝇的基因组，需测定3+XY共5条染色体上的碱基序列．形成单体的变异属于染色体数目变异．
（2）杂合翻翅果蝇体细胞中Ⅱ号染色体上DNA碱基排列顺序是不相同．位于该对染色体上决定不同性状的基因传递只遵循基因的分离定律，不遵循基因自由组合定律．基因频率是某种基因在某个种群中出现的比例．由于翻翅基因A纯合时致死，推测在随机交配的果蝇群体中，翻翅基因的频率会逐代减少．
（3）根据黑檀体无眼果蝇与灰体有眼果蝇杂交，获得的F₁代均为灰体有眼果蝇，可判断无眼为隐性性状．如果控制体色和控制无眼的基因不在同一对染色体上，则黑檀体无眼果蝇与灰体有眼果蝇杂交，F₂代表现型应为4种，即灰体有眼、灰体无眼、黑檀体有眼、黑檀体无眼，其比例接近于9：3：3：1．将无眼基因与位于Ⅱ号染色体上的基因进行重组的杂交实验时，若实验结果与上述实验结果相似，则说明控制无眼的基因也不在Ⅱ号染色体上，因此极可能位于Ⅳ号染色体上．
故答案为：
（1）5        染色体（数目）变异
（2）不相同        不遵循       减少
（3）隐性    灰体有眼、灰体无眼、黑檀体有眼、黑檀体无眼     9：3：3：1      类似