07年1-4月所得税核定征收，缴了2万税，5月后改为查账征收，到年底是亏损，

没再缴税，08年所得税清算时2万元要退回吗？退回的所得税账务如何处理？

按税法规定，年中该为查账征收的，全年都为查账征收，你交的2万元为预缴的税款，全年需要汇算清缴，如果经过汇算清缴，全年为亏损，则可以退税，退回时直接记：
借：银行存款
贷：利润分配-未分配利润
不过申请退税时税务机关可能会来查账

所得税是按季预缴，次年4月份之前汇算清缴，然后多退少补，汇算清缴纳税调整后如果仍亏，按照税法应该是退回的，不过一般情况下税务部门是不会给你退的，最多只能让你抵以后的，如果真能退回的话，通过“以前年度损益调整”科目，调整“未分配利润”即可。

既然是核定征收.那你计算所得税填报的标应该是b类申报表.你只需要填写你核定征收的金额去申报.不需要用查账征收的方法计算所得税。成本控制在核定范围内是为了避免税务查账的风险.请采纳