连云港市疾病预防控制中心是在撤消连云港市卫生防疫站、连云港市皮肤病防治所、连云港市健康教育所等 3个财政拨款事业单位的基础上进行优化组合，重新组建而成，并于2002年4月28日正式挂牌，同时保留了“健康教育所”、“结核病防治所”、“放射卫生防护所”和“皮肤病防治所”四块牌子。