公司没有实质性的库存现金，每次付款给个人或者单位（不开发票）都是开现金支票直接让本人去

领取，请问这样操作合理吗？税务会处理吗？

你那里不开发票看来都是白条入账，这样操作是不合理的，只能视为现金，首先库存现金每天是有限额的，再则税务也不认同你的白条。

这样的话比较麻烦，没有发票怎么入账呢。