12v的微型电机的转子（电机轴）怎么和齿轮连接？是在齿轮的的轮毂上打孔，然后用螺钉顶紧吗？电机轴只有6mm

齿轮仅仅靠该电机轴支承，这样合理吗？是不是对电机有损害，请高手指点一下！

6MM吧。这样的小电机功率都小，所带负荷也不大。一般都是这样的，也有的不打孔过盈配合。
正规厂家设计应该合理

可以用solidworks simulation插件分析。 下面只是建议： 不知道你定子外径是多少，但是电机跟轴连接用12颗螺钉连接是不是有必要需要商榷，我这边76外径的定子只要用两颗m6的紧定螺钉就足够了，且是径向固定，不是轴向。这样数量的孔加工要求不低，供应商不给力很容易出现螺纹孔错位的情况。螺纹孔距边缘太近了，容易变形或者破裂。 最简单的方法，在轴上铣一个扁方用于定位，再冲筋，直接过盈配合压进去。