得到菌株的16SrDNA序列后,怎么鉴定菌株的分类地位?

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解决时间 2021-08-16 03:54

提问者网友：轮囘Li巡影
2021-08-15 03:08

得到菌株的16SrDNA序列后,怎么鉴定菌株的分类地位?
我从土壤中分离出来一些细菌,要鉴定它们是什么种,并最后构建系统发育树.我把这些菌株制备了菌液,并做了16SrDNA的扩增,现在得到了序列.拿去NCBI比对时,发现NCBI上有一个是nucleotide blast,还有一个是blastx.我进前者比对时,经常是说找不到搜索结果.我用后者比对时,每次都有结果,但是我不知道覆盖率和匹配率要达到多少,才能说我的菌株就是那个种?就是说,在blastx里面,我不知道比对的标准.刚开始我每次都只看匹配率,认为只要匹配率在98%以上可以了,后来别人告诉我这样的方法是错的.得到菌株的16SrDNA序列后,到底应该怎么比对才能将菌株鉴定到种?

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五星知识达人网友：我住北渡口
2021-08-15 03:52

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