一个基因有很多转录本，怎么选

一个基因有很多转录本，怎么选

两种反转录的方法，一种是用oligoT作为引物，把所有的mRNA都反转录了，这个应该是有用的。另一种方法，是用特异性的引物去反转录，这个的话，你要看这种基因的转录后剪切有没有把最后一个外显子切掉的情况，如果没有的话，也是可以用Reverse primer去反转录的。 mRNA的选择方面，只要你提取mRNA的细胞是有这种基因表达，且存在可变剪切的机制，这样提取的mRNA就可以做下一步实验的。

第一个问题：要看你的个人需要和方向了，根据不同的要求选择不同扩增方式，首先如果你扩增原核生物基因，那就是要的基因dna序列的orf区，从atg到taa，因为原核基因一般没有内含子，只需从基因组中扩即可；如果你要克隆表达真核基因，那么就要提取rna，逆转录成cdna之后设计引物扩增全cds区，当然如果你要研究整个基因的mrna的话，也可以用3‘或5’ -race kit 拉全长，这个难度稍高一点，如果只是要比较该基因的相对表达量，用定量pcr的话，只需针对该mrna序列合适位置设计100-250bp长度的引物即可，一般位于cds区，引物尽量在相邻exon接缝处。 第二个问题：运用dnaman寻找保守序列，首先搜索各变体序列，分别在dnaman建立的‘new sequence’文档中 命名保存，然后点击‘序列’工具栏中-比对-多序列比对 选项 ，在对话框中选择‘文件’，选择之前保存的待比对序列文件，-打开，确定‘dna’比对选项-点击 下一步-对话框内 选择比对方式（根据不同需要，一般选择，完全比对，快速比对，如果是测序结果也可以选择双链比对）-之后点击下一步（参数一般默认）-一直到出现比对结果，就可以看到保守序列位置了。