cass绘制的断面图纵横比例不一样时，怎样求得实际面积呢？有没有辅助程序能用水准仪的数据绘制断面图？

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cass操作不太清楚。
推荐你另外一款断面法的土方计算软件《易算土方》，最大特点是操作简单，把原始地面线和设计线输到软件中自动生成断面图并计算填挖方量。
具体可以到官网下载教学视频看一下。