这种情况合理吗？是否检查院真的不会起诉？会留案底吗？

我有4个朋友，半年前被派出所以故意伤害罪刑事拘留，拘留了4天，然后与受害者达成协议，赔偿了32万，对方出了谅解书与不追究刑事责任的说明，派出所办理了监视居住把人取了出来，现在半年到了，又办理了取保候审，但是派出所说必须把案件送到检察院，说的分局规定，现在案件必须由检察院决定起不起诉，说的肯定不会起诉，到时候出具不起诉决定书，这种情况合理吗？是否检查院真的不会起诉？会留案底吗？

达成和解协议的案件情节轻微不需要判处刑罚的检察院可以做出不起诉决定，不会留下案底。

《刑事诉讼法》 第二百七十九条
对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。

应该不是吧。