我单位给员工交社会保险，是员工个人出一部分单位交一部分，

如果员工离职了当月的保险从个人工资扣除了一部分，单位不给交另一部分这个做法合法吗？

社保的扣款时间是延后的，每月5-25日为操作器，月底或者下个月月初扣这个月的保险，比如你8月份离职，8月初扣款的保险是你7月份的保险，8月份离职减员后，社保扣款要在8月底9月初扣款，当时离职人员的社保应经停缴了。
所以说，如果离职的时候公司扣了你一个月的社保，那是上个月的，没有问题。
社会保险，按照国家规定，分为个人缴纳和公司缴纳两个部分。如果你在当月单位的员工名单中，那么社保会从公司账户直接扣款的，不是说公司给不给你交的问题。

从你表述看，你公司的企业所得税是定率征收。 所谓定率征收，就是不核实你公司的成本费用情况，按照你公司的收入额直接乘以核定的利润率计算出总利润，再乘企业所得税率计算应纳所得税额。 因为不核实你公司的成本费用，也就是说不管你成本费用有没有收入的94%（1-6%），都统一按94%的成本费用计算。 而你交的保险对你公司来讲，正是做为成本费用入账的，所以在定率征收情况下，不管你交了多少保费费，都统一归纳到其给的94%成本费用里，不单独在所得税前扣除。