不同物种基因的相似度和不同种生物的基因有较大差别是否矛盾？

不同物种基因的相似度和不同种生物的基因有较大差别是否矛盾？

在基因组水平上谈相似度，很容易混淆，很讨厌，这是个很模糊的定义，容易引起歧义。
人和老鼠基因相似度90%以上这个是估值，也就是总体程度，这个定义不清楚。
如果这样说，人和老鼠有90%以上的基因是相似的，这样就清楚了。
在这90%相似的基因中，还仅仅是相似，不是完全相同。

更进一步说，即便有人说两物种中有99%的基因相同，看到这句话的时候，也要注意，并不是指99%的基因个数是完全相同的，剩余1%个数是完全不同的，这1%的差别是分散在所有基因中的。
人类碱基按30亿来算，1%也有300万了。你可以认为一个3G大小的英文文章中，有30M文字是错误的，那还能完全一样吗。
而对于基因，哪怕产生一个有义突变，整体功能就可能会有大变化。

至于不同种生物的基因有较大差别这句话，是针对单个基因来说的。我们一般比对单个基因的时候，有70%的序列indentity，就认为是同源基因了，这个70%,已经差很大了追问很感谢你的讲解，大概清楚了，就是单个的基因差别很大，整个基因组的相似度是90%以上，不知道是不是这样。求能分别举个列子吗？追答首先，相似度的定义就有问题。早就说过这个定义很模糊。而相似，也有从核酸水平和蛋白水平两种角度来看的。
人类应该有4w左右基因，我没记错的话。不是说其中36000个都是相同的，其余4000个不同，而是说这4w个基因都有不同，不同的程度有高低。
人和鼠，从微观层面来看，本身就是差不多的，难道差很大吗，就好像你用面粉能做出馒头和花卷，你说这两个差很大，但是微观角度看就没差多少，但就是这些微小差别叠加起来，整体看上去就很不同了。

另外，基因上即便有细微的差别，功能也可能会有较大差别。这个就不举例了，很多疾病都是基因突变导致的，这些突变的位点占整个基因组的比例也很小。
比如，ATG是启动子，一个位点突变，后面的蛋白表达都可能出问题了。再深点来说，基因是相互作用相互影响的，比如有某个调控蛋白，在两个物种中不一样，那可能整条通路的基因表达水平都会不一样。
至于你要看基因差别的例子，随便找个就好了。

随便找了个蛋白，做了一下比对
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=NM_000041.3&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

把页面拖到最下方，点那个blast按钮，等1分钟，你就可以看到这个基因和其他所有序列的相似度。用关键词搜搜，看看有没有鼠的结果。