分公司实行预缴所得税,总公司怎么申报年底所得税

我公司在天津设立一个分公司，总公司在北京，工程项目在天津，天津每次拨付工程款，都要在当地预缴所得税，不然就不给我们工程款，分公司是在2012年上半年注册成立的，请问一下，年底北京报所得税怎么申报，如果我汇算纳税盈利100万，能不能抵我在天津预缴的80万所得税，如果我汇算亏损20万，已预缴的80万怎么处理，能退回或者下期抵扣吗？北京的国税说当年成立的分公司不办理总分机构分配表。

按税法规定，如果盈利100万是可以抵扣你已预缴的所得税的，如果当年亏损，可以申请退税也可以下期抵扣。
但实际操作上，你申请退税的可能性不大，同时，因为你在天津的理拨付工程款时预缴，所以永远都是预缴，不可能有抵税的可能，所以你这部分预缴只能在你以后的经营中在总公司抵顶。这个具体的操作你还得同北京方面的税务局商定。

《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的第十六条规定： 总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额 你所述的多缴税款这个，税务机关是原则上不退税，而形成留抵税额。