我做的两个基因,他们的蛋白相似性都在50%以上,但核酸相似性,甚至是mRNA相似性用BLASTN却比

我做的两个基因,他们的蛋白相似性都在50%以上,但核酸相似性,甚至是mRNA相似性用BLASTN却比

蛋白相似度有50%,说明有保守的氨基酸序列区域,但是每一个氨基酸可能有多种密码子编码形式,即使是完全一样的蛋白序列,核酸序列也会差别很大.而且现在看来,有超过40%的蛋白不同,这部分核酸序列就没什么相似性可言了.所以这个现象很正常.在blast的时候,除非在核酸序列水平就比较保守（例如16S）,否则很难找到保守度很高的序列.可以先用蛋白序列去找到保守区域,再去分析那个区段核酸序列的保守性.不然直接看核酸,意义不大.======以下答案可供参考======供参考答案1:这很正常啊，蛋白相似不一定基因一定相似。就好比一个蛋白家族的，基因差别很大，不是一个来源的，或许是真核的，也可能是原核的，但蛋白是一个家族的。