如何选择适合自己的简化基因组测序

如何选择适合自己的简化基因组测序

简化基因组鉴定位点数受基因组大小、基因组上酶切识别位点的分布和数量的影响。根据所使用酶的识别位点信息和基因组序列情况可以通过模拟估计理论的酶切片段数量。对于常规RAD和2bRAD来说目标就是所有酶切位点相关片段，但是GBS这种间接进行片段选择的，一般情况下位点数比真实的酶切相关片段数更多，可以通过选择酶的种类调整位点数。对于ddRAD和ezRAD来说，不仅可以通过调整酶的种类也可以改变片段选择范围来调整位点数。

根据不同的研究目的，适宜的位点数也会有差异。如果研究系统发育关系、地理群体结构、基因流动、渐渗现象和系谱检测等一般只需要数百的标记就已经足够，但是如果想在全基因组范围挖掘功能性基因位点如进化或驯化位点等则需要高密度的标记。对于基因定位的研究所需要的标记数则和研究的群体类型、该物种的LD情况及群体内重组事件的多少有关。对于F2群体或短世代重组群体，需要的标记数要小于远交群体，即家系群体的连锁分析比自然群体的关联分析所需的标记数大大降低。