一系列参赛裁判、队员爆料的金牌内定事件，为全运会的公正性蒙上了一层阴影。在今年全运会男子10米台比赛中，表现更为出色的周吕鑫/王建凯输给了林跃/曹缘，屈居亚军，比赛现场观众一片嘘声。此前，跳水名将熊倪的启蒙教练马延平说，中国跳水目前最高领导周继红不仅决定了金牌的归属，而且还决定了裁判的阵容，甚至包括裁判的“生死”。无独有偶，在女子蹦床单人决赛中，北京奥运冠军何雯娜仅仅排在第五名，而广东队新秀钟杏平获得金牌。赛后，何雯娜说：“我早就知道金牌会属于谁，打分项目就是这样，大家都知道是什么意思。”
诸多明星运动员和参赛队的意外退赛也成为今年全运会的一大特点。原本报了4个项目的郭晶晶，最后退出了三项比赛，只保留了女子3米跳板；被喻为“水中刘翔”的张琳10月19日晚还表示要全力拼好每一项比赛，可第二天上午他却以“保留实力拼接力”的借口，变相退出了第十一届全运会男子100米自由泳金牌的角逐；河南赛艇队因一名队员尿检呈阳性后，全队30多名选手随后全部退赛，四年备成果战付之东流。此外，程菲、佟文、陈燮霞也纷纷因伤宣布退出比赛。