分子最小能量结果怎么不一致

分子最小能量结果怎么不一致

我用MOE软件对PDB数据库里面的一个复合物进行能量最小化 但是结果和数据库里面的受体配体相互作用结果不是很一样 配体M端和N端都和受体有氢键相互作用 数据库里面M端有和a，b两个氨基酸残基团形成氢键 N端和x一个残基形成氢键 但是在MOE里面导入数据不进行任何处理 显示的是M端与a，b，c三个残基形成了氢键，N端与x，y两个残基形成氢键， 进行能量最小化之后得到的结果是a，b，c三个残基依然和配体有作用但是N端只和y残基有作用，x残基比y残基稍微靠口袋的外侧，可能软件认为和内侧一点的残基作用更稳定，改了几个参数发现结果都是一致的。