关于R语言，读取文件中的问题

关于R语言，读取文件中的问题

我用Rstudio试了一下你的语句，语句本身没有问题，问题在于你的input.txt文件最后一行没有回车。请打开文件并在最后一行回车，然后保存再读取。
我的input.txt文件里面只有两行四个数字，第一次尝试结果如下：
> rt <- read.table("input.txt",sep="\t",header=FALSE)
Warning message:
In read.table("input.txt", sep = "\t", header = FALSE) :
incomplete final line found by readTableHeader on 'input.txt'
在最后一行加回车并保存，再次运行语句：
> rt <- read.table("input.txt",sep="\t",header=FALSE)
> rt
V1 V2
1 1 2
2 3 4
成功！追问刚才的问题解决了，但是后面的程序又不行了。。。
design<-model.matrix(0~+factor(class))
colnames(design)<-c("cons","treats")
fit<-lmFit(rt,design)
cont.matrix<-makeContrasts(treats-cons,levels=design)
fit2<-contrasts.fit(fit,cont.matrix)
fit2<-eBayes(fit2) 不知道怎么破