请问:房地产开发企业2009年的31号文件下发后,前二个文件([2003]31号\[2006]31)是否就作废了呢?

这三个文件都是关于房地产开发经营企业的,想问问二者的关系以及是否前面的二个就不用了还是补充中?

如果文件没有明确说明原有文件作废，那么就继续有效。新旧文件有冲突的地方，新文件下发后发生的情况，适用新文件的规定。旧文件没有规定而新文件规定的，适用新文件。
参考内容

也许是的。