如何通过pbs提交materials studio计算任务

如何通过pbs提交materials studio计算任务

如何使用命令行方式提交 MS 的计算作业 Castep： 1． 打开 MS 界面， 建立相关模型， 并且在 Castep 的 Calculatiton 对话框中设置相关参数； 2． 不要单击 Run 进行 Castep 计算工作，而要在 Calculation 对话框中选择 Files -> Save Files，此时会在 Project Explorer 中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行 Castep 的输入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器进入该目录(相关 Project 名称.files\Documents 下)， 能够 看到所需要的输入文件。 注意，由于 castep 计算所需的.cell 文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件夹选项” 中选择“显示隐藏文件” 。 将以下文件拷贝到 SGI Prism 的相关路径下， *.cell、*.param。 此外，需要将计算所需的赝势文件拷贝到 SGI Prism 相关路径下。 （在 CASTEP | Calculation | Electronic 的 more 下 Potential 中可以看到所使用的赝 势 文 件 ， 该 文 件 的 路 径 在 Windows 系 统 的 \MS Modeling 3.2\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials 中，请将所出现的赝势文件全部拷贝到 SGI Prism 机器上，否则会导致计算失败） 4． 使用帐号登陆到 SGI Prism 下，进入相关文件夹（文件夹中包括刚才所有的文件） ， 并执行命令： > chmod 777 *.* > /home/msi/ms/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np n seedname 注：-np 表示使用多 CPU 进行并行运算； n 表示所使用的 CPU 数目 seedname 表示计算作业的名称， 例如相关参数文件为 Al.param， Seedname 则 为 Al，不带后缀名 5． 计算完成后，请将该目录中所有的文件下载到本地机器上，并放到刚才在 Visualizer 下新建的目录中； 6． 在 Visualizer 的 Project Explorer 中单击右键，选择刷新，即可看到刚才所有计算得 到的结果，并可在 MS 中进行分析。 DMol3 1． 打开 MS 界面， 建立相关模型， 并且在 DMol 的 Calculatiton 对话框中设置相关参数； # 2． 不要单击 Run 进行 DMol 计算工作，而要在 Calculation 对话框中选择 Files -> Save Files，此时会在 Project Explorer 中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行 DMol3 的输入文件； 3． 使用 Windows 的文件管理器进入该目录(相关 Project 名称.files\Documents 下)， 能够 看到所需要的输入文件。 注意，由于 DMol3 计算所需的.car 和.mdf 文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件 夹选项”中选择“显示隐藏文件” 。