如何选择合适的基因组结构注释文件

如何选择合适的基因组结构注释文件

在线的基因注释资源对于基因组数据的分析来说必不可少 注释就是对代码的解释和说明。目的是为了让别人和自己很容易看懂。 基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。

基因组注释分析主要包括哪些内容基因组注释包括以下方面的内容：（1）重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为n或者x，统计各种类型重复序列的分布。（2）编码基因的预测。通过将转录组或est数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。（3）小rna基因的预测。通过比对已知的小rna的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学软件预测，找出这些小rna基因，并进行分类。（4）调控序列和假基因的预测。基因功能的注释，使用的数据库包括nt/nr,swissprot/trembl,interpro,kegg,cog,geneontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。