交通事故社会救助基金垫付的钱法院判决出来，需要偿还不？

我妈妈被摩托车撞到了，在医院医治了六万多，这钱都是对方申请救助基金会垫付的。这钱对方一直没有偿还，现在法院起诉判决出来，对方要承担五万多，而我妈妈这边要承担一万多。当时车辆事故我妈妈是次要责任。我们之前就与对方协商好，就是医药费对方全部承担，我们不承担，我们协商是经过司法部门协调下商定的。现在法院判我们要承担一点，这应该怎么处理呀？

一是法院判决具有权威性，理论上说次要责任也是应承担责任的；
二是法院判决效力高于司法协调效力，所以即已经过法院，就应当以法院判决为准，协定结果就不再具有法律效力。。。
三是感情上说，被伤害一方应该得到精神补偿，一万元的精神补偿是不够的，对方还应当再追加补偿才对，关键是法院对精神补偿有没有什么说法。。。；

第二十四条　国家设立道路交通事故社会救助基金(以下简称救助基金)。有下列情形之一时，道路交通事故中受害人人身伤亡的丧葬费用、部分或者全部抢救费用，由救助基金先行垫付，救助基金管理机构有权向道路交通事故责任人追偿： 　　(一)抢救费用超过机动车交通事故责任强制保险责任限额的; 　　(二)肇事机动车未参加机动车交通事故责任强制保险的; 　　(三)机动车肇事后逃逸的。 　　【详解】本条是关于道路交通事故社会救助基金对在道路交通事故中导致人身伤亡垫付抢救费用的规定。