付款与开票单位不一致，如何处理

某公司销售货物（含安装）给A公司10万元，该司已开10万元发票给A公司

过程中，部分安装是A公司介绍的客户B公司完成的，也就是B公司代为某司完成了对A公司的安装，发生了1万元的费用。A公司已付9万元货款给某司。

现A公司，B公司，某司签了三方委托协议，A公司直接付款给B公司1万元。

拿到协议，做了如下处理：
借：应付账款-B公司1万
贷；应收账款 -A公司 1万

B公司一直未开发票过来，在强列的追讨中，B公司开了2万元的票给某司，但开票单位不是B公司，而是C公司

请问，该如何处理，这笔账
1.因为有协议，B公司的应付账款借方余额一直挂着？
2.C公司的2万元的应付账款用现金支付，做平？
3.B，C两公司对冲？
4.更好的解决办法
希望有经验的前辈能详细的给予解答，

只有一直挂着,自己在笔记本备注一下

那发票抬头的单位出一份第三方付款证明给收款方！