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太医院的最高长官是太医院提点（正五品），下设使，副使，判官等，“掌诸医药，总判院事。”此外，太医院中还设管勾主管医学教育，另还设有各种名称的太医和医官。元代太医院。秩正二品。开始时长官为宣差，后改为尚医监、太医院提点等。其行政隶属于宣徽院。最高长官之下设院使、副使、判官等名目。元代太医院掌管一切医药事务，官员品秩普遍高于任何朝代。明代也设有太医院，其长官初始称作太医院令，后改称院使。明代在北京和南京各设一个太医院，但是北京设置的太医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太医院只设院判不设院使，以便服从于北京太医院的领导。清代只设一个太医院，院使正五品，总揽医药行政及医疗大权，清初，御药房也划归太医院管理，全国医官统一由太医院差派、考核、升降，从而加强了统一领导。但这种体制未能坚持下去，礼部管生药库，总管太监管御药房，削弱了太医院的功能。清朝中晚期，医政管理较为混乱。总之，从金至清，太医院作为全国性医政兼医疗的中枢机构延续了七百多年。

金元时期

金代大体上也仿宋代，在宣徽院之下设太医院、尚药局、御药院。太医院内设有提点、院使、副使、判官、管勾、正奉上太医、副奉上太医、长行太医。兼有医学教育性质，培养各科学生，以优良之学员补充太医之职。

元代统治者对医学管理相当重视，医学制度较严密，机构扩大，并大幅度提高医官品阶及地位。太医院之品级提高到正二品，内有院使、同知、金院、同金、院判、经历、都事、照磨等，官阶正二品至正八品，另设令史、译史、知印、通史、宣使等职。

太医院下辖八个机构：

广惠司“掌修制御用回回药物及和剂以疗诸宿卫士”。内设卿四人，为正三品，少卿二人、 二人、经历一人、知事一人、照磨一人。司下设大都及上都回回药物院各一所，并由达鲁花赤一人、大使一人、副使一人负责，专门掌管回回药物事。

御药院“掌受各路香贡，诸番进献珍贵药品，修造汤煎”。内有达鲁花赤一人、大使二人、副使三人、直长一人、都监一人。

御药局“掌两都行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、局使二人、副使二人。

行御药局“掌行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、大使二人、副使三人。

御香局“掌修和御用诸香”。内有提点一人、司令一人。

大都惠民局“掌收官钱经营出息市药修剂以惠贫民”。另有上都民局，其任务与大都者相似，各设提点一人、司令一人。

医学提举司“掌考校诸路医生课义试验太医教官，校勘名医撰述文字，辨验药材，训诲太医子弟，领各处医学”。内有提举一人，副提举一人。

官医提举司管理有关医户及差役有关诉讼事宜。共设四所，分别位于大都、保定、彰德、东平等四路。各所均设有提举一人，同提举一人、副提举二人。在全国十路也各设一所。