怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果

怎么分析分子动力学模块cp.x的运算结果

1. 如何提取温度-时间和总能-时间变化信息？
温度，能量-时间信息在OSZICAR里面，可以用grep提取。
2. 一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线？
不懂什么意思，RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到，这块不太懂。
3. VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么？尤其是不懂selection1、selection2如何选取？
数据导入到vmd后，点extension->radio distribution funcion->Use Molecule选你需要的molecue,一般直接把xml文件拖进去的话这个只有一个，选了就行。
selection 1 和 selection 2分别是中心原子（类）和相对原子（类）。
这里要用vmd的选择原子的语言，比如，我算vasp时候INCAR里面是Li和O，那么vasp.xml导入vmd以后就会有type Li和type O。这里type是关键字。
以我的为例子，我selection 1 里面写type Li，selection 2里面也写type Li。那我得到的就是Li的g（r）。
你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求，就要自己对原子进行重新定义。

如题。espresso 里example 18 以及随后的几个例子就是运用cp.x进行动力学计算。比如18里，对sio2的计算输入文件sio2.cp.start.in： &control calculation='cp', restart_mode='from_scratch', nstep=20, iprint=20, isave=20, dt=5.0, ndr=90, ndw=91, pseudo_dir='/home/huazhong/espresso/pseudo/', outdir='/home/huazhong/tmp/', / &system ibrav=8, celldm(1)=9.28990, celldm(2)=1.73206, celldm(3)=1.09955, nat=18, ntyp=2, nbnd=48, nspin=1, ecutwfc=20.0, ecutrho=150.0, nr1b=16, nr2b=16, nr3b=16, qcutz=150., q2sigma=2.0, ecfixed=16.0, / &electrons electron_dynamics='damp', electron_damping=0.2, startingwfc='random', ampre=0.01, emass=700., emass_cutoff=3., / &ions ion_dynamics='none', ion_radius(1)=1.0, ion_radius(2)=1.0, / ATOMIC_SPECIES O 16.00 O.pz-rrkjus.UPF Si 28.00 Si.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS O 3.18829368 14.83237039 1.22882961 O 7.83231469 6.78704039 1.22882961 O 2.07443467 5.99537992 4.73758250 O 6.72031366 14.04231898 4.73758250 O 3.96307134 11.26989826 7.87860582 O 8.60802134 3.22295920 7.87860582 O 3.96307134 4.81915267 9.14625133 O 8.60802134 12.86448267 9.14625133 O 3.18736469 1.25668055 5.58029607 O 7.83324368 9.30201055 5.58029607 O 2.07536366 10.09206195 2.07358613 O 6.71938467 2.04673195 2.07358613 Si 0.28891589 8.04533000 3.40456284 Si 4.93386589 0.00000000 3.40456284 Si 2.13389003 12.27717358 -0.04188031 Si 6.77884003 4.23184358 -0.04188031 Si 2.13389003 3.81348642 6.85202747 Si 6.77884003 11.85881642 6.8520274 这个输入文件可以用xcrysden查看结构。