番茄U6基因是什么，做miRNA的qRT-PCR时的内参一般用U6，不知道U6的序列，和它的引物。
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解决时间 2021-03-25 11:15
- 提问者网友：戎马万世
- 2021-03-25 07:54
番茄U6基因是什么，做miRNA的qRT-PCR时的内参一般用U6，不知道U6的序列，和它的引物。
最佳答案
- 五星知识达人网友：一把行者刀
- 2021-03-25 08:33
U6是一类核小分子RNA，由RNA聚合酶III启动。
做miRNA的qRT-PCR有茎环法和加尾法，U6很常用，你自己查相关的文献就能看到别人现成设计好的。加尾法的反向引物的通用的，正向引物就拿U6的序列，自己设计就行。
序列在下面：
Tomato U6 small nuclear RNA gene
1 ataaatcttt ttaatttata gtatatttat gtaagttttc acgttgagta aatagcgaag
61 aagttgggcc caaccaagta aaataagaag gccgggccat tacaattaag tcgtcacaca
121 actgggcttc attgaaaaaa gcgcaaaacc gattccaggc ccgtgttagc atgaagactc
181 aactcaacca gagatttctc cctcatcgct tacagaaaaa agctatatgc tgtttatatt
241 gcgaatctaa cagtgtagtt tgtcccttcg gggacatccg ataaaattgg aacgatacag
301 agaagattag catggcccct gcgcaaggat gacacgcaca aatcgagaaa tggtccaaaa
361 ttttttttgc cattcttttc aagctccatt gtcaaatttt cggggggttt tgaagtcgcc
421 tatctgaggt tagtctctct gcatctgatc agtctgaaac tttagtcgct gagcttattc
481 tttgttctgg acttgaagat taggtcaaat gattaggttt atctttcaat tatatagta
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做miRNA的qRT-PCR有茎环法和加尾法，U6很常用，你自己查相关的文献就能看到别人现成设计好的。加尾法的反向引物的通用的，正向引物就拿U6的序列，自己设计就行。
序列在下面：
Tomato U6 small nuclear RNA gene
1 ataaatcttt ttaatttata gtatatttat gtaagttttc acgttgagta aatagcgaag
61 aagttgggcc caaccaagta aaataagaag gccgggccat tacaattaag tcgtcacaca
121 actgggcttc attgaaaaaa gcgcaaaacc gattccaggc ccgtgttagc atgaagactc
181 aactcaacca gagatttctc cctcatcgct tacagaaaaa agctatatgc tgtttatatt
241 gcgaatctaa cagtgtagtt tgtcccttcg gggacatccg ataaaattgg aacgatacag
301 agaagattag catggcccct gcgcaaggat gacacgcaca aatcgagaaa tggtccaaaa
361 ttttttttgc cattcttttc aagctccatt gtcaaatttt cggggggttt tgaagtcgcc
421 tatctgaggt tagtctctct gcatctgatc agtctgaaac tttagtcgct gagcttattc
481 tttgttctgg acttgaagat taggtcaaat gattaggttt atctttcaat tatatagta
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- 1楼网友：行路难
- 2021-03-25 09:33
请去NCBI搜索。我不知道番茄的拉丁文物种名称无法帮忙搜索。我也不知道数据库是否有番茄的U6基因序列。祝楼主好运。
小提示，U6在人类和老鼠中的official symbol不是U6而是RNU6
小提示，U6在人类和老鼠中的official symbol不是U6而是RNU6
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