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如何通过pfam数据库构建隐马尔科夫模型文件

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解决时间 2021-11-14 23:13
如何通过pfam数据库构建隐马尔科夫模型文件
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马尔科夫过程可以看做是一个自动机,以一定的概率在各个状态之间跳转。
考虑一个系统,在每个时刻都可能处于N个状态中的一个,N个状态集合是 {S1,S2,S3,...SN}。我们现在用q1,q2,q3,…qn来表示系统在t=1,2,3,…n时刻下的状态。在t=1时,系统所在的状态q取决于一个初始概率分布PI,PI(SN)表示t=1时系统状态为SN的概率。
马尔科夫模型有两个假设:
1. 系统在时刻t的状态只与时刻t-1处的状态相关;(也称为无后效性)
2. 状态转移概率与时间无关;(也称为齐次性或时齐性)
第一条具体可以用如下公式表示:
P(qt=Sj|qt-1=Si,qt-2=Sk,…)= P(qt=Sj|qt-1=Si)
其中,t为大于1的任意数值,Sk为任意状态
第二个假设则可以用如下公式表示:
P(qt=Sj|qt-1=Si)= P(qk=Sj|qk-1=Si)
其中,k为任意时刻。
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