我是清包一个石材干挂的活完了老板让我承担所有的石材损耗这样合理

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是先没有在合同或协议中约定的，老板的主张不能得到法律支持，但是老板公司的规章制度已经明文规定的，且是业内普遍的作法，扣你罚金也是合理的，法律是支持的；你的劳务费，是要支付的，拖欠工资的行为法律是要处罚的。所以最好的处理方法是由法院协调解决，各让一步。
由于公司未能按时发放劳动报酬，当事人可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。当事人可以向当地劳动监察行政部门进行举报或申请劳动仲裁等等。
《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
　　（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
　　（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
　　（三）安排加班不支付加班费的；
　　（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。