BEAST软件做Skyline Plot问题求助
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解决时间 2021-11-21 18:45
- 提问者网友：记得曾经
- 2021-11-21 05:55
BEAST软件做Skyline Plot问题求助
最佳答案
- 五星知识达人网友：妄饮晩冬酒
- 2021-11-21 07:08
我想用8条序列做skyline plot，其中遇到了一个问题：ESS值太小，且做不出skyline plot。我不太懂贝叶斯里面的参数，所以把具体的数据贴在附件，求指教！
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参数设置如下：
模型：HKY
base frequency:Empirical
clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾
Tree选项卡:
tree prior: coalescent Bayesian skyline
number of groups :3
MCMC选项卡:
length of chain 10000000
echo state to screen every 1000
log parameters every 1000
算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。
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参数设置如下：
模型：HKY
base frequency:Empirical
clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾
Tree选项卡:
tree prior: coalescent Bayesian skyline
number of groups :3
MCMC选项卡:
length of chain 10000000
echo state to screen every 1000
log parameters every 1000
算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。
全部回答
- 1楼网友：患得患失的劫
- 2021-11-21 07:15
问题解决了吗？序列发给我，我看看。
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