如何对比人和鼠的c-met同源性
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解决时间 2021-02-09 19:42
- 提问者网友:放下
- 2021-02-09 03:41
如何对比人和鼠的c-met同源性
最佳答案
- 五星知识达人网友:不甚了了
- 2021-02-09 04:55
在GENE数据库上查找你的c-met的序列,分别比较人和鼠的相似性,有相关网站可以做,如SWISS等,根据相似比例判断同源性。
同源性(homology)这个概念不能量化,“两条序列具有同源性”或者“不具有同源性”。而相似性(similarity)和一致性(identity)可以看做是从不同的角度对同源性的量化指标,一般地,两条序列之间的相似性(similarity)的程度会大于一致性(identity)的程度。一般来说,序列之间的相似性(similarity)和一致性(identity)越高,序列之间同源的可能性越大。下面这段描述是三者正确的描述。
例:A序列包含有一个1500bp的ORF,通过BLAST,得知该序列与B序列同源,相似性高达94.3%,一致性达89.6%。追问谢谢讲解 可是具体怎么查呢 我用BLAST可是不太会用 求教追答首先去NCBI,gene上查找你的目标序列http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
然后进入blast,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
点击 nucleotide blast,进入对比页,点击align two or more sequences,将两物种基因复制入序列框。BLAST得结果,自己分析。追问谢谢 c-met查到啦 可是为什么鼠的p-met查不到 只能查到人的
同源性(homology)这个概念不能量化,“两条序列具有同源性”或者“不具有同源性”。而相似性(similarity)和一致性(identity)可以看做是从不同的角度对同源性的量化指标,一般地,两条序列之间的相似性(similarity)的程度会大于一致性(identity)的程度。一般来说,序列之间的相似性(similarity)和一致性(identity)越高,序列之间同源的可能性越大。下面这段描述是三者正确的描述。
例:A序列包含有一个1500bp的ORF,通过BLAST,得知该序列与B序列同源,相似性高达94.3%,一致性达89.6%。追问谢谢讲解 可是具体怎么查呢 我用BLAST可是不太会用 求教追答首先去NCBI,gene上查找你的目标序列http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
然后进入blast,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
点击 nucleotide blast,进入对比页,点击align two or more sequences,将两物种基因复制入序列框。BLAST得结果,自己分析。追问谢谢 c-met查到啦 可是为什么鼠的p-met查不到 只能查到人的
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