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【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较?

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解决时间 2021-01-12 01:26
【求助/交流】请问如何用NCBI进行进化树和同源性比较?
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swingman8(站内联系TA)NCBI,用blast寻找相似序列,只能说是相似性比较,用软件构件进化树才能分析同源性,应该是这样,我现在的问题是会画树,不会分析,急死人啊新人小玥(站内联系TA)用clusterW或clusterX进行多重比对,得到的数据可以用MAGA来做树。
用clusterW或clusterX进行多重比对,得到的数据可以用MAGA来做树。
我也是不会分析 ,还请指教 你可以把需要比对的序列用fasta格式保存在记事本里,然后用clustalW/clustalX的多重比对选项,直接按它默认的算法算算,生成的.dnd格式拿到MAGA里面的phylogeny——display newick tree from file选项中打开。就成了进化树了。可以在里面调整成你想要的表示方法和顺序,另存为就好了。
还有就是用DNAMAN , 多重比对(画了多条线并横着排列的标志multiple alignment),点了之后,将fasta格式保存的文件打开,选择是DNA还是蛋白质,然后以默认程序运算,出现的界面中选output——tree——最后一个,就有树了。你可以以不同的方式调整,然后输出。
如果还不行,你可以去网上搜搜相关说明书,那里会有比较详细的步骤。
希望能帮到你哈!
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