我司收到甲公司开具的增值税发票，但是货款付给乙公司，其实是乙找甲代开的发票，能写证明吗？该如何写？

我司收到甲公司开具的增值税发票，但是货款付给乙公司，其实是乙找甲代开的发票，能写证明吗？该如何写？

你说的意思应该是：我公司跟乙公司发生了业务往来，但是乙公司无发票，用甲公司的资质对我开据了发票。
按发票管理办法相关规定，此做法受到的发票是假票。若想规避，可采用与甲公司补签一个购销合同，然后甲公司再开具一个委托付款书，委托我单位把款项打入乙公司账户。

代·开发票是虚·开增值·税发·票的违法行为。
你对于违法行为你还要相对人给你写个证明，
让他证明他自己有·罪

可以有个委托收款协议，但是很多公司不承认这种情况，风险太大

这种典型代开，票流和钱流不一致。
可以解决，如果你是现金付款，可以做账做成付给开票方。但内部往来一定要记成实际的乙公司。如果是付对公走银行账，那很麻烦。可以叫乙与甲与你公司签一个三方协议。内容是甲公司授权你方代付款给乙公司，即传说中的代付协议。但有些地方税务是不认可你代付协议，有些地方认可。
增值税发票最好收款方与开票方要一致。否一查一个准，善意取得+代+开+增值税发票，直接叫你进项转出。最好要有你公司与甲公司的销售合同和送货收货单以备查。

这种情况下，付款一般付现金，让乙方出具甲方带有公章的收据。这样，帐务就算是完结了。否则，就会出现三角票！我想，既然是两个公司，他们一般出具不了证明，因为证明上要注明两公司属一个企业，允许你们走在一家帐上，且还需加盖两家的公章。

付款的时候开支票或电汇都要写甲公司的公司名称（或是不写空着抬头）然后让收款人【不管是甲还是乙】给你开收据，要盖有【甲】公司的章，其它的钱怎么倒（是背书还是钱入甲的账在给乙）那就是他们两个公司的事了，你也不会有什么涉税风险了【前提是你要验证发票的真伪】我们公司就是这样弄得。