如何用cufflinks 拼出一个理想的注释文件
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解决时间 2021-12-01 20:54
- 提问者网友：练爱
- 2021-11-30 21:55
如何用cufflinks 拼出一个理想的注释文件
最佳答案
- 五星知识达人网友：山有枢
- 2021-11-30 23:06
第一步： 产生各自的gtf文件
cufflinks -p 30 -o ROOT RF12.merged.bam
cufflinks -p 30 -o LEAF LF12.merged.bam
发现产生的gtf文件都是单exon
第二部：将产生的gtf文件放到namelist 中
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/LEAF/transcripts.gtf
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/ROOT/transcripts.gtf
第三部执行cuffmerge
cuffmerge -g Osativa_204_gene.gtf -s ./Osativa_204.fa -p 50 new_namelist
结果：
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/merged_asm/merged.gtf
gene_id是merge新生成的， 但是gene_name如果在参考的gtf中有，会保留。 新的gene_name都只是单exon.
cufflinks -p 30 -o ROOT RF12.merged.bam
cufflinks -p 30 -o LEAF LF12.merged.bam
发现产生的gtf文件都是单exon
第二部：将产生的gtf文件放到namelist 中
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/LEAF/transcripts.gtf
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/ROOT/transcripts.gtf
第三部执行cuffmerge
cuffmerge -g Osativa_204_gene.gtf -s ./Osativa_204.fa -p 50 new_namelist
结果：
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/merged_asm/merged.gtf
gene_id是merge新生成的， 但是gene_name如果在参考的gtf中有，会保留。 新的gene_name都只是单exon.
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