50年代，袁翰青开始进行化学史特别是中国化学史的研究，涉及的范围相当广，尤其对炼丹术的研究较为深入。袁翰青认为，我国开始有炼丹术是很早的，据《史记》记载，战国时就有方士炼丹，但现存的最早的中国炼丹的著作则要算《周易参同契》，它也是世界上最早的炼丹著作。因此，该书的作者魏伯阳应该是留有著作的最早的炼丹家。从《周易参同契》的内容和魏伯阳所处的东汉时代背景，可以大体看出该书的意义。《易经》的思想具有辩证的动的观点，到了西汉末年，利用《易经》来预卜吉凶的所谓“谶纬说”大为流行，魏伯阳一面承袭了“谶纬说”，一面接受了当时已经发展起来的炼丹术。他认为易经、道家哲学和炼丹方术三者是统一的，因此就写出了三位一体的《周易参同契》，成为中国炼丹术的理论基础。在这本书里，记述了中国最早的化学知识，例如汞容易和硫黄化合，生成硫化汞；黄金不易被氧化（“金入于猛火，色不夺精光”）等等。
袁翰青认为，晋朝的葛洪是一位更杰出的炼丹家，是中国炼丹术中承前启后的人物，不但受到中国学术界的重视，世界研究炼丹史的学者也很注意考证葛洪的生平和著作。据袁翰青考证，最可靠的文字资料是葛洪本人在《抱朴子外篇》一书里的自叙，加上《晋书》里的《葛洪传》。葛洪炼丹的基本理论是认为一切物质都可以变，这一点与现代化学的观点是十分相近的。他认为，在诚心的要求和适当条件下，就可以变出最宝贵的仙丹和黄金。为了达到这个目的，他在炼丹时做了许多化学实验，制作了不少原始的实验仪器，积累了大量化学知识。例如，他发现了“以曾青涂铁，铁赤色如铜”，曾青指蓝铜矿或孔雀石（碱式碳酸铜），把它涂在铁的表面，便呈现赤色，犹如铜的颜色一样。按现代的概念，就是铁能从铜盐中置换出金属铜，葛洪在1500多年以前就具备这样的化学知识，确实属于化学界的先躯。
袁翰青还指出，我国炼丹术的文字记录绝大部分都搜集在道教的丛书——《道藏》里。由于在葛洪之后，从事炼丹的人大部分都是道教的道士或与道教关系很深的封建士大夫，因此，《道藏》的内容涉及炼丹操作方法者很多。例如，《太清石壁记》介绍炼丹方法；《丹房须知》描写了炼丹的场所——龙虎丹台，它既不同于现在的厂矿，也不是化学实验室，而是把炼丹的器具放在小土台上，再在上面放置金属或土做的炉子，炉子里有鼎或匮，炼丹的原料就在里面发生化学反应，同时书中还描写了古老的蒸馏器和研磨器；《石药尔雅》解释了炼丹家所用的许多药物的隐名，对研究炼丹家的著作很有帮助；《金石簿五九数诀》讲述炼丹所用的药物、产地、提炼方法和鉴别真伪的方法。袁翰青指出，中国炼丹术无论在实验操作技术的发明或无机药物的应用方面，都为近代化学做了一些开路工作。是发展化学的先躯。
时至唐朝，像睿宗、玄宗、宪宗等皇帝也都好交方外之士。唐代著名的道士，像吕岩，字洞宾，世称纯阳子，也是好清虚，为懿宗时的进士，后遇师钟离权授度世之术、黄白秘方，写了许多道书流传于世，是民间传说八仙之一[6]。又有张伯端，号紫阳，研究丹术著名于世，着悟真篇八十一章，讲述了内外丹的奥妙。 到了宋朝，有陈搏，宋太祖请他当官却不接受，玄默修养，尽得金丹密旨。元末明初，陈致虚，也是著名丹家，写了金丹大要十卷。明朝，中国向道风潮达到顶峰，但是大多是隐入深山穷窟中，师徒密授。到了清朝还都有隐逸修养之士，清末近代西方化学传入中国，古老的丹术更是被披上了一层层厚厚的迷信色彩。 据学者考证，在初唐间（西元7世纪），与中国西方发展的大食帝国（波斯），交往频繁，中国炼丹术传入波斯，传入阿拉伯，再传入欧洲[7，8]。于是丹家炼丹的表层物质技术，如反应、蒸馏、分离等实验技术，到西方演变、发展成现代化学，开启现代化学之门。 现代人从现代科学的角度更是无从了解，其实这个问题还是得回到对物质基本认识上，前文在《物质观》我们提过了，古代中国科学家对物质是“万物皆有灵”的概念，就像老子形容，“万物负阴而抱阳，冲气以为和”。 原子构成万物，有形的物质形成时，无形的能量灵体也就同时形成，所以如果只从有形物质空间认识物质，那么就出现类似现代科学对物质的认识，有很大的局限性，像经络，像前面提到蛋壳不明钙质来源、种子发芽多出的元素，现代科学碰到这些现象只能啧啧称奇，视为不明现象。中医针灸几根针，完全不动物质身体，可以达到医疗成效，科学也是解释不了，只能发现功效，很明显都在另外空间的能量体上下功夫。 所以从这个角度看，根据中国古代科学的理论，金丹术就不再是荒诞不经、神怪之谈，而是另种掌握更高的宇宙真实，有理论可实验的科学。我们再从这些丹家的记载，试试能否揭开神秘的面纱。 《抱朴子·黄白篇》提到：“黄白术亦如合神丹，皆须斋洁百日已上，又当得闲解方书，意合者乃可为之，非浊秽之人，及不聪明人，希涉术数者所辨作也。其中或有须口诀者，皆宜师授。又宜入于深山之中，清洁之地，不欲令凡俗愚人知之。”这里黄白指的就是黄金、白银，炼金与炼丹道理是一样，就是金丹术必须在特殊实验条件下才能进行，像斋洁、闲解、意合是针对进行实验者身心状态的要求，深山、洁地是实验地点，而最重要的口诀师授，这里我们可以看出来，古代科学实验控制条件远比现代科学的更严苛。 所谓的“斋洁”，斋就是素，专一定静的意思，洁表示洁净，意指实验者必须从身心开始纯净化一段时间，身体净化甚至包括食物，显然有些食物的能量灵体会干扰实验者；精神净化指的就是专心静念，不能进行其他无关思考。而“闲解”，闲有空、悠的境界，要求实验者以一种放松又从容，惚惚悠悠心境来认识实验，这谲异于现代科学以探索精神来进行实验。 “意合”就是要求实验者意念必须达到相当纯净状态，合乎实验的要求，在老师或有经验者指导秘诀下才能进行实验。像普通人，带着好奇、探索、学技能等等都视为杂乱心态的人，根本不能进古代实验室，不适合，也认识不到，当然进行不了实验。这合不合理呢？绝对合理，现代的半导体、生物科技、加速器高能物理这些高科技实验都是在严格的管控下进行的。 何况炼丹术，从其理论都已涉及物质之能量灵体，当然能干扰能量灵体的因素都必须控制排除。前文我们举了最近日本IHM研究所一些水结晶研究[9]，像大脑意念实际上已经影响水的能量灵体，所以表现出不同的结晶行为。而炼丹术要在能量空间将其他物质转变成为纯金，试想如果各种不同心念的人，甚至在很多不同脑波干扰的环境下都能造出纯金，那才更不合科学道理。 葛洪也说：古代即使是一般的丝绢染绘，都不让闲杂人看见，见之即坏，更何况黄白之变化呢？从这个角度看中国古代科学实验，我们很容易认识到古代科学家绝非故弄玄虚，迷信荒诞之流，而是掌握了更高的宇宙真实，使用更严格方式进行更精密的实验，直接研究有形物质体的无形灵体，所以重视实验精密的精神是一致的，只是古代科学实验在另外无形空间进行，所以古代科学家设计实验室的精密方式当然不像现代科学强化物质仪器设备精良，甚至看起来背道而驰，他反而往深山老林去。 葛洪的老师曾告诉他，他曾经与师祖左慈在庐江铜山中试炼金丹，每次都成功，又说“然而斋洁禁忌之勤苦，与金丹神仙药无异也”。这里我们恐怕很难想像古代训练一位成功的科学家的困难，也许比培养一位诺贝尔奖得主更难了。做过科学研究都知道，现代科研其实还是有很大运气成分，选对了研究题目很容易有新发现，基本的实验技巧科学家们几乎都具备。 可是古代科学必须有师承，自己按书摸索几乎不可能，很长历史时期选定极少数的特殊对象，再进行长时间的身心锻练，而意念的锻炼毫无丝毫侥幸机会，达到要求状态，实验一定成功，不会因人而异，真实性、准确性、重复性远远大于现代科学。这就是为什么说“斋洁禁忌的勤苦与金丹无异”，意思是说实验者到达状态等同于实验结果。 像现代科学强调的实验重复性，根本不考量实验者的心灵状态，换句话说，一个满手污秽肮脏的人和带着实验手套的人做出来的实验结果是一样的，如果从古代科学角度来看，其实是很粗糙的。这就合理解释了中国古代各行各业为什么都称为道，都讲究静心调息，都有着浓厚的修炼色彩，重视心灵力量，这应该是主要原因。这也绝对是一种科学发展