castep分子动力学需要结构优化吗

castep分子动力学需要结构优化吗

Dmol3是独特的密度泛函理论量子力学软件,可以研究气相、溶液、表面和固体系统.由于它独特的静电学近似,Dmol3一直是最快的分子密度泛函计算方法之一,使用非局域化的分子内坐标,可以快速优化分子和固体系统的结构.使用LST/QST算法和共扼梯度结合,Dmol3可以有效地搜索过渡态,避免了耗时的黑塞矩阵的计算.过渡态搜索功能可以应用于分子和周期系统. CASTEP基于总能量的平面波赝势理论,运用原子数目和种类来预测包括晶格参数、分子对称性、结构性质、能带结构、固态密度、电荷密度和波函数、光学性质.高效并行版本可以模拟包含数百原子的大系统.

够呛，200个氨基酸，即使是最简单的丙氨酸c3h7no2也有13个原子，13*200=2600个原子，而且模拟peptide一般肯定在水溶液中吧，水盒子至少得浸没这个peptide，那么整个体系至少至少也得5000~6000个原子，这样大小的体系只做构型优化是可以用laptop或是单独的pc来模拟的，只用i3的机子我觉得1,2个小时是至少的（注意都是至少！）。但是还得看你具体的体系，如果这个体系构型比较复杂有很多个构象可以选择，那么自然需要做更长的构型优化，> 10000 steps。 综上，我还是建议你用研究组里的服务器或cluster来计算。你总不希望你的pc冻在那里几个小时吧，而且万一要是重启或关机了数据丢失就白算了。我主要用namd做模拟，gromacs也略懂，希望对你有用！