RNA-seq没有生物学重复 被审稿人argue怎么办

RNA-seq没有生物学重复 被审稿人argue怎么办

一般一篇RNA-seq类的文章，其结论主要涉及两个方面的问题。对于文章中结论中涉及的具体与某个性状相关的基因，还是建议你把与结论重要的相关基因使用Qpcr验证一遍，然后就有底气回复了：“虽然没有重复，Qpcr的结果支持我的关注的这些基因嘛”。（比如我们之前就分享了一篇大牛的文章，只有2个重复的lncRNA，通过多种后期实验验证发了8分的文章，戳这里查看）如果你的文章重点讨论的是某些通路或一类基因集合，全部Qpcr验证一遍工作量太大，不现实啊。

还有一个办法，去数据库查找类似的研究数据来支持我们的结论。例如，华南农大周碧燕教授今年刚刚发表的研究超氧化物对荔枝退化叶影响的文章（查看文献解读戳这里~）。虽然设计了重复，审稿人依然不过瘾：能不能再找些证据？在和周教授协商后，我们从NCBI下载了一篇研究超氧化物对拟南芥影响的文章的数据。在进行分析比较后，我们发现拟南芥差异表达基因几乎在荔枝的差异基因中都能找到同源基因。于是，审稿人就再也不提这个问题了。如果是医学类的项目，找到同类数据应该理论上也更加容易。

当然，如果要发表5分以上的文章，建议还是设置生物学重复比较保险一些。以上的策略，也只能保证能够应答大部分审稿人的质疑，但有时候也会遇到死揪不放的审稿人。那么，额，还是撤稿换投吧，说不定知音就在下一家杂志社哟。

mrna测序 （rna-seq） 转录组学（transcriptomics）是在基因组学后新兴的一门学科，即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有rna（包括mrna和非编码rna）的类型与拷贝数。illumina提供的mrna测序技术可在整个mrna领域进行各种相关研究和新的发现。mrna测序不对引物或探针进行设计，可自由提供关于转录的客观和权威信息。研究人员仅需要一次试验即可快速生成完整的poly-a尾的rna完整序列信息，并分析基因表达、csnp、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。简单的样品制备和数据分析软件支持在所有物种中的mrna测序研究。