一篇文献是KDH格式的，标记保存时，怎么提示说是pdf文件，需保存副本才能保存已在文章中的标记。

其他的kdh格式的却没有这样的提示，可直接保存。

是这样的。中国期刊网的文献格式包含 CAJ、NH、KDH和PDF等几种，但是有相当一部分KDH文件（但不全是）本质上就是PDF，不信你把扩展名换成PDF，然后用pdf阅读器打开试试就知道了。