施工单位的个人所得税问题？

我公司是一家公路建设企业，一直交的是增值税3%的普通发票，所有税款在施工当地完税，完税时会有千分之四的个人所得税代扣代缴，这个人所得税额是根据发票金额来计算的，比如说我开票金额为1000万，那么我个人所得税就要交40000.00元（不考虑地方是否扣除城建税及教育附加）。这里的个人所得税跟我实际发放的工资根本不是一回事是吗？我询问过税务所，说不需要另外再申报个调税.
1、这里的个人所得税分录是（不允许税前扣除）：
借：利润分配—未分配利润 40000
贷：现金 40000
允许税前扣除：
借：管理费用—税金 40000
贷：现金 4000
2、如果我实际发放的工资是120万，而我实际要交的个人所得税是12500.00元 ，应该是
借：工程施工—合同成本—人工费 1200000（已经扣除了个人所得税的金额）
应交税金—个人所得税 12500
贷：现金
那我就不理解了，我如果不要再申报的话，而我多交的个人所得税就这么算了，这里如果我应该交5万的个人所得税，那么我还需要补申报吗？如果不需要补申报，那么我在做凭证时这么办，我按实际工资做凭证的话，这个人所得税的差额部分怎么办？以后会不会有问题？

求高手指点！！！！！！！！！！

税务所是根据开票金额征收的，那我实际发放的工资有关系吗？一直想不通，头都疼！

这笔个税不能计入税金及附加，应计入工资、劳务费、福利费等科目，之后再引入成本中列支。先确定一个分配方法，把个税分配到相关工程人员头上，这样就可以做成：
借 应付职工薪酬
贷 应交税费-扣缴个税

    现行企业所得税按流转税主税种划分管理了。

    你要到项目部所在地的税务机关进行税务登记，税种鉴定，预缴企业所得税。