土地登记能允许出现多大的面积差？依据是什么？

你的问题描述不清楚。如果是问：在农村，审批建房的面积与实际建好以后占用土地面积的差距，这个问题的确存在。比如，如果批准使用土地面积为200平米，在施工放线过程中，毕竟是采用人工办法丈量，会有误差。特别是，现在要求国土部门在房屋竣工验收时采用仪器测量，精确度提高了，这就导致有了误差。专家的意见是，允许不超过5平米。

我们这里是这样处理的：如果批准是200平米，实际超过了200平米。土地使用证上登记为200平米，超过的面积在记事栏备注：超出审批面积XX平米，暂时也不作任何处罚。小于审批的面积，则按国土部门验收时测量的实际面积登记。