为什么明朝思想家（李贽、王夫之、黄宗羲等）只是昙花一现?

这个问题你要结合当时的历史背景来分析.
一方面,据《万古江河》载,虽然当时（中国处在明朝末年）的“礼仪之争”在西方宗教界和学术界引发了激烈的辩论,甚至再度引起了大家对罗马教廷权威的质疑.而在中国却并未引发思想争论.
另一方面,虽然以徐光启等为代表的明朝较为知名的士大夫对西学的热衷证实了中国传统儒家并不排斥西方先进文化.明朝,尤其是明末清初的知识阶层也由此初步具有了一定的反思专制统治的觉悟和自由思想的端倪（具备这种自由思想的代表人物就是李贽、王夫之、黄宗羲等）.
这其中思想成就最高者当是黄宗羲,他基于西方传教士所介绍的西学,认为中国该当履行精英民主政治,以学校为议政之地,中央的权力下放到地方,中央综和统筹、地方灵活自治.
但是黄宗羲所生活的年代,欧洲爆发了英国资产阶级革命,而中国则处于明清交替之际,一个庸碌的政权正被另一个更加惭酷与愚昧的政权所替代.那时的（中国的）当权者们并未察觉,在遥远的西方正经历一场决定后世中、西方各国命运的大变革.
特别是进入到清朝以后,西方传教士的活动更是被官方严格局限于传教与实用技术这两个方面,官方对（自由）言论予以惭酷压制.文人阶层则考据风泛滥,知识分子们埋首故纸堆,忙着搞《四库全书》这类“国典”,就算先贤放个P也恨不得考据出一大堆哲理来.这使得他们当然无暇,也不敢再顾及中、西方之间敏感而“尖锐”的文化问题了.
至于那些个来华的传教士,他们则死的死、走的走,徐光启、李贽、王夫之、黄宗羲等人之后也相继离世.因此,明清之际的中国自由思想就这样昙花一现便不了了之了.