合同变更中事实变更指什么？

如果是分期付款，并约定逾期的违约金，付款人每次都是逾期付款，只给本金，三年后，是不是可以认定为事实变更合同，没有违约金？

一例说明：

如合同约定为甲地履行交货。但实际上在丙地进行的交接货，双方都未提出异议。这就是事实变更，此时对于收货一方不能因交货不在约定地交货的就说对方违约。