宏基组测序有没有深度概念

答案:2 悬赏:50 手机版

解决时间 2021-02-18 11:41

提问者网友：温柔港
2021-02-18 04:06

对于宏基组测序，由于它不知道基因组的大小（de-novo测序），所以深度应该没有30X、50X的概念。那它用什么来衡量测序的深度？

最佳答案

五星知识达人网友：有你哪都是故乡
2021-02-18 04:57

宏基因组的目的是检测样品的菌群种类、风度等信息。在做测序前，可能根本不知道目的菌群的特征。

宏基因组通过测16sRNA来区分不同菌群。通过对16sRNA计数，来估计菌群的丰度。这个有点类似转录组测表达量了。菌群丰度较高的菌种测的就会比较多，丰度低的测的就少。这样，宏基因组没有测序的层数概念。有一个基础的数据产量的要求。

如果是全基因组测序，由于测序前对于所测的菌群特征并不清楚，所以一个群落至少测1G的clean data可以保证把丰度高的菌种测序并组装出来，对于低丰度的细菌，组装出来的片段就少了。

我的理解可能有误，欢迎讨论拍砖。

全部回答

1楼网友：轻熟杀无赦
2021-02-18 05:24

有的

我要举报

如以上问答信息为低俗、色情、不良、暴力、侵权、涉及违法等信息，可以点下面链接进行举报！