细菌16s的blast后怎么确定是不是一个属

细菌16s的blast后怎么确定是不是一个属

是的。

99%就基本可以认为是同一种菌。

不过我问一下你是不是做了TA克隆获得了16srDNA全长序列。

你之前也问过这个问题，我跟你说了不是直接上NCBI上比对的，NCBI上的序列是人人都可以上传的，你比对出来和某个序列99%相似，可能这条最相似的序列并没有被正式承认，也就是没有被正式学术资格的。你可以打开NCBI序列的详细信息，里面有标示是否unpublished，标有unpublished就说明是没有被认可的，这种对比结果你是不能采用的，因为对比的对象都是不可信的。

比如我今天做了一个菌，发现和大肠杆菌的最相似，相似度是97%，然后我上传了这个序列，名称当然只能写大肠杆菌，但是到底是不是还有待鉴定，然后明天你也做了同一种菌，然后对比，发现和我的相似度是99%，那你说你做的菌也大肠杆菌？显然是没有道理的。

你可以用NCBI比对，但是你必须要看序列是不是unpublished的
所以有韩国人为了方便就自己建立了一个二级数据库，剔除了NCBI中unpublished的序列，你搜索Eztaxon就能搜到。

搜一下：细菌16s的blast后怎么确定是不是一个属