如何在NCBI中查基因密码子偏好性

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解决时间 2021-03-21 05:31

提问者网友：最美的风景
2021-03-20 04:55

如何在NCBI中查基因密码子偏好性

最佳答案

五星知识达人网友：神鬼未生
2021-03-20 05:30

NCBI没有这样的数据，你可以在CodonUsageDatabase查到相关物种的密码子偏好信息。

CodonUsageDatabase数据库用以计算密码子偏好的序列数据都是来自NCBI，也是学术界和工业界经常使用的数据库。该数据库是用物种名索引的。使用之前必须首先搞清楚你所研究物种的拉丁名（例如 Homo sapiens）。也可按字母浏览。不过在检索方式上，该数据库不象其他的生物信息学数据库那么灵活，其对检索词要求比较严格。可能的原因是有些物种的拉丁名非常相似（例如只差一个数字），如果出差错的话，就是“差之毫厘谬以千里”。因此，反复核对物种名应该是使用该数据库最重要的步骤。

如果要计算单个或一组基因可以用其提供的Countcodon的服务(http://www.kazusa.or.jp/codon/countcodon.html)。参考资料：http://www.kazusa.or.jp/codon/

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