进账支票中对方余额不足,但是我已经办了进账手续,那会有什么问题吗?

当然有问题了，这样对方就是开了空头支票，对方会被罚款。

对方会有5%但不低于1000元的罚款。如果对方仍然在这样，可能账户要被银行关掉，不给开户了。