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怎样在NCBI中找到一个基因的功能

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解决时间 2021-04-02 05:42
怎样在NCBI中找到一个基因的功能
最佳答案
知道了名字,在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果,然后点击进去,有个“MIM”(在线孟德尔遗传)就可以看到它的功能。
ORF是开放阅读框,指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列,从AUG开始,直到终止子,但是不包括终止子。ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里,点击进去后输入相应序列的mRNA序列,然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF,但是往往会有很多结果,一般来说第一个结果是真实的,其余的都是假阳性的。
fasta格式指的就是一个大于号开头,后面跟上这段序列的描述,然后另起一行就是数列,给你个例子你就知道了,如下,这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
>gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1), transcript variant 1, mRNA
AACATGGCCGCGGGCTGGAAGTGCGCATGAGCAGCTGTCTATGGAGATACCTAGGCCGGGAGAGGGAGAA
CACAGTTGGAGAAAATCGGCAGCTGAGACGGCCTTGGCCGGACTTAGCACTCAGGCCTGTGAATCAGGAG
ATACAAAGACCTCCAAAAAAGGACCAGTTCCTCGGATGTGCCCCCTCACAGAGAGATGAAGGGGCAGCAG
AAAACAGCTGAAACGGAAGAGGGGACAGTGCAGATTCAGGAAGGTGCAGTGGCTACTGGGGAAGACCCAA
CCAGTGTGGCTATTGCCAGCATCCAGTCAGCTGCCACCTTCCCTGACCCCAACGTCAAGTACGTCTTCCG
AACTGAGAATGGGGGCCAGGTGATGTACAGGGTGATCCAGGTGTCTGAGGGGCAGCTGGATGGCCAAACT
GAGGGAACTGGCGCCATCAGTGGCTACCCTGCCACTCAATCCATGACCCAGGCGGTGATCCAGGGTGCTT
TCACCAGTGATGATGCAGTTGACACGGAGGGGACAGCTGCTGAGACGCACTATACTTACTTCCCCAGCAC
GGCAGTGGGAGATGGGGCAGGGGGTACCACATCGGGGAGTACAGCTGCTGTTGTTACTACCCAGGGCTCA
GAGGCACTGCTGGGGCAGGCGACCCCTCCTGGCACTGGTCAATTCTTTGTGATGATGTCACCACAAGAAG
TACTGCAGGGAGGAAGCCAGCGCTCAATTGCCCCTAGGACTCACCCTTATTCCCCGAAGTCAGAAGCTCC
CCGGACGACTCGGGATGAGAAACGCAGGGCTCAGCATAATGAAGTGGAGCGTCGCCGCCGAGACAAGATC
AACAACTGGATCGTGCAGCTCTCCAAGATAATCCCAGACTGCTCTATGGAGAGCACCAAGTCTGGCCAGA
GTAAAGGTGGGATTCTATCCAAAGCTTGTGATTATATCCAGGAGCTTCGGCAGAGTAACCACCGCTTGTC
TGAAGAACTGCAGGGACTTGACCAACTGCAGCTGGACAATGACGTGCTTCGACAACAGGTGGAAGATCTT
AAAAACAAGAATCTGCTGCTTCGAGCTCAGTTGCGGCACCACGGATTAGAGGTCGTCATCAAGAATGACA
GCAACTAACTATGGGGATTCAGGGGCTTTGGGCCCAAGAACTGCAGATAGCCCAGGAGCAACAGCCTAAT
CCCGTGCCCCTTTCCTTCACTGCCCCACTTCTGGCATGGGACAGGGGGAAGTTCAGAAGGTGTGTCCTTG
AACTGAGGCCCTGTGATATGGCGGCCTGCAGTGGTGTGAAACACACAATGTGGACGTGCACTGACAGCCT
TGCCCACCCCCACCATGCAGCCCCTGGGCCCTTGTGCTCCTCTCGCACAATGCATGTGCTGTCTCCATGC
TGGATACTGGACACACTAAACTCTGGGGCTTGTCCTGTGCTTGCTTAGAGTGCCCAGCAGAGGTTTGCTG
ACAGGTGATGCTCTGGCTTGCCCCAGGACTCTGGCACTTCCATTGGTTCTTCCTTTCCCTGGAGCTGAGG
TTTAGATGTGCAACCTGTGGCTCAGGGGAGCAAGCTTACACAAGAAGTGAGGGAAGGATGTTTAGCAGTG
GCTGGTGCCCATGAAGAGGAGATTGGCCAGTGAGAAGCTGAGGCCTATGCAGACATCTCTGGAGCCAGAG
AGAACAACAGGCAGGGGCCCACTTGGGGCCTTCCCCCTTGTGGGGGTCGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAATTGTTCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式,你可以以TXT的方式保存,也可以以后缀名为.fasta的方式保存,然后以文本文件打开就行了,说白了就是个文本文件呵呵。一般情况下这样就可以了,但是如果用blast2go来做GO分类的话,就必须用.fasta来保存,否则该软件不识别。详细的在NCBI上都有的,自己可以去看。
满意请采纳。追问这个答案我看过,没看懂,希望不要再那样粘贴,真是没看到MIM,望给个好理解好操作的答案,谢谢
全部回答
我觉得www.genecards.org对基因功能的总结比NCBI要好用些。
你到那个网站,输入基因,然后有关的功能,甚至连检测的试剂都给你列在下面了。追问为啥我的360提示这个网站大量未被证实的信息,提示我小心追答360以前就是靠流氓软件起家的,叫做3721。
genecards是一个很权威的网站。360这样搞,我很无语。
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